국립국어연구원은 대통령령 제13163호(1990년 11월 14일)에 따라 1991년 1월 23일 문화부(현 문화관광부) 소속 기관으로 설립되었다. 국립국어연구원은 국민의 언어 생활을 과학적으로 조사 연구하여 합리적인 어문정책을 수립하고 국민의 올바른 언어 생활을 계도하려고 출발한 국어연구소(문교부 산하 학술원 부설, 1984년 5월 10일 시작)를 확대 개편한 것이다. 정부조직법의 개정(대통령령 제12895호, 1990년 1월 3일)에 따라 국어연구소는 문교부에서 문화부로 이관되었고, 문화부 소속의 국립국어연구원 직제(대통령령 제13163호, 1990년 11월 14일)에 따라 1991년 1월 23일 발족하였다.
1980년대 말에 들어와서 고도의 국가 경제 성장으로 생활 수준이 향상되고 국민의 문화적 욕구 또한 높아짐에 따라 문화 행정 기능의 확충을 위해 이를 전담하는 기구를 신설해야 한다는 주장이 대두되면서 문화부의 설립이 구체화되기 시작했다. 이때 행정 개혁 위원회와 어문학자들 간에서도 새로운 문화 행정의 영역에 어문정책이 포함되어야 한다는 의견의 일치를 보았고, 1990년 1월 문화부가 신설되면서 문교부(현재 교육부)의 어문정책 업무가 문화부로 이관되었다. 문화부는 그 전담 부서로 어문 출판국 안에 어문과(현재 국어정책과)를 설치하였다.
그러나 문화부의 어문과는 정책만을 결정하는 부서로 심층적인 국어 연구나 본격적인 집행 기능을 수행할 수 없는 취약점이 있었다. 그뿐만 아니라 일반 행정 업무와는 달리 대부분 전문 행정 기능을 수행하는 데에도 연구직 공무원이나 전문직 공무원이 배치될 수 없는 직제라는 문제가 있었다. 이러한 것을 보완하고 본격적인 국어 연구를 위해서는 일본이나 프랑스처럼 전문 국어 연구 기관을 설립해야 한다는 주장이 문화부 내부에서 신중하게 제기되었다. 그러던 차에 국어학계와 언론계에서도 이러한 내용의 건의가 여러 번 있었다.
문화부는 이를 받아들여 적극적으로 검토를 하였고 1990년 11월 14일(대통령령 제13163호)에 심층적인 어문정책 연구, 본격적인 국어 순화, 남북 언어 이질화 극복, 한국어의 국외 보급, 한글을 중심으로 한 문자 생활의 과학화와 현대화 등을 구현하는 것을 목표로 하는 ‘국립국어연구원’ 설립을 위한 문화부 소속의 직제 개정안을 확정하고 이를 공포하였다. 국립국어연구원 직제는 당초 차관급 원장과 운영 위원회, 관리부(2과)와 연구실(3부)을 두는 안을 기준으로 하여 정원 50명을 총무처(현재 행정자치부)에 요청하였으나, 정부의 공무원 정원 동결 의지 때문에 결국 1과 3부를 기준으로 하는 정원 35명만이 확정되었다. 1과는 서무과, 3부는 지금의 어문 규범 연구부, 어문 실태 연구부, 어문 자료 연구부이다. 이러한 우여곡절 끝에 국립국어연구원은 1991년 1월 23일 문화부 소속 기관으로서 정식 개원을 하게 되었다. 당시 이어령 문화부 장관은 축사를 통해 “전통적인 문화를 되살리는 것은 우리말과 글을 사랑하는 데서 출발해야 한다”라고 하였고, 국립국어연구원 초대 안병희 원장은 기념사를 통해 “비로소 국민의 언어 생활을 본격적으로 조사 연구할 수 있는 기관이 탄생되었고, 이제 합리적인 어문정책을 수립하여 국민의 올바른 언어 생활을 계도할 수 있게 되었다”라고 하였다.